Estudià a Rotterdam, Leiden, Coïmbra, Pàdua i Roma. Tornà a Holanda i fou ordenat de pastor. Començà a apartar-se de la doctrina calvinista estudiant l’epístola als Romans, i entaulà polèmiques que li valgueren d’ésser titllat de pelagià i socinià. Les seves doctrines, sistematitzades en la Reexposició (1610), contenen, entre d’altres, l’afirmació de la compatibilitat entre la sobirania de Déu i la llibertat de l’home i l’afirmació que Jesucrist morí per a tots els homes i no pas només per als elegits. La tensió dels arminians amb l’església oficial prengué un caire polític quan foren acusats d’ésser un partit proespanyol; començaren a ésser perseguits després d’haver estat condemnats pel sínode de Dordrecht (1618-19). Amb tot, aquestes doctrines influïren ulteriorment sobre una bona part del protestantisme, per exemple sobre el metodisme, dividit, des de Clevon, en partidaris de Wesley (arminians) i calvinistes. El grup més important de seguidors d’Arminius és a Holanda, amb uns 20 000 membres.