Fundat l’any 1898 per Luis Márquez i altres esportistes biscaïns. Ha estat 24 vegades campió de Copa (1903, 1904, 1910, 1911, 1914, 1915, 1916, 1921, 1923, 1930, 1931, 1932, 1933, 1943, 1944, 1945, 1950, 1955, 1956, 1958, 1969, 1973, 1984, 2024) i 8 cops campió de Lliga (1930, 1931, 1934, 1936, 1943, 1956, 1983, 1984).
Té 43.000 socis (2024) i des del 1913 juga a l’estadi de San Mamés, anomenat La Catedral. L’any 2013 inaugurà el nou estadi de San Mamés, situat en una ubicació adjacent a l’antic (derrocat el mateix 2013), un edifici de disseny avantguardista i amb capacitat per a 53.289 espectadors, que va ser guardonat com a millor edifici esportiu del món de nova construcció en el World Architecture Festival (2015).
Entre els jugadors més destacats que han figurat al seu equip hi ha: Belauste, Pichichi, Sesúmaga, Sabino, Gorostiza, Iragagorri, Cilaurren, Chirri, Zarra, Panizo, Gainza, Garay, Iríbar, etc.