Si bé en aquesta accepció el mot era antic, com a divinitat Aton no apareix fins la dinastia XVIII, en el regnat, potser, de Tuthmosis III i Amenofis II i, amb seguretat, en el de Tuthmosis IV. Durant el regnat d’Akhenaton esdevingué, oficialment, l’únic déu d’Egipte. Es formà aleshores una nova teologia (religió egípcia), la màxima expressió de la qual és l’Himne a l’Aton, amb clares influències sobre el Salm 104. La doctrina, d’origen solar i activament monoteista (d’ací, persecució dels altres cultes), anà evolucionant en el decurs del regnat de forma que d’un Aton concebut inicialment com una manifestació de Ra-Harakhty, déu d’Heliòpolis, s’arribà, finalment, a una formulació on només Aton tenia cabuda. L’exclusivisme fou tan complet que àdhuc Osiris desaparegué dels texts d’Al-Amarna i amb ell l’esperança en una altra vida. La teologia atoniana no sobrevisqué al seu regnat