La invasió japonesa (10 de desembre de 1941) obligà McArthur a abandonar les illes (març del 1942) i a la rendició dels últims contingents nord-americans a Batan (9 d’abril) i Corregidor (6 de maig). La resistència dels guerrillers impedí el control total de les Filipines pels invasors. El contraatac aliat s’inicià a Leyte el 20 d’octubre de 1944; anorreada la flota nipona (23-26 d’octubre), fou reconquerit l’arxipèlag i alliberada Manila, després d’una batalla sagnant (3-23 de febrer de 1945).