La primitiva comanda hospitalera fou creada arran del repartiment de l’illa, després de la conquesta per Jaume I de Catalunya-Aragó. Comprenia una alqueria i terres per a mantenir trenta cavallers i l’edifici de la drassana de la ciutat. El 1239 tenia ja comanador propi, i aixecà tot seguit l’església de Sant Joan, a la ciutat. El 1314 se li uniren els béns de l’antiga comanda templera de Mallorca: el 1228 els templers havien rebut de Jaume I, en el repartiment de l’illa, el castell de l’Almudaina, 525 cavalleries de terra, 365 cases, 54 obradors i molins i 122 alqueries a Palma , Pollença i Montuïri; el primer comanador fou Bertran d’Arlet, i la comanda esdevingué, amb noves dotacions, senyora de la parròquia, els delmes i l’escrivania de Pollença —on creà un priorat—, de la parròquia d’Escorca i d’Algaida, i obtingué importants dominis a Montuïri, Manacor i Sóller. El 1314, amb la unió dels templers amb la petita comanda de l’Hospital, els nous comanadors hospitalers es traslladaren a l’església i castell del Temple, mentre que l’església de Sant Joan fou donada al prior de Pollença. Des del 1319 depengué del gran priorat de Catalunya. A mitjan s XIV els béns eren estimats en 1 800 lliures barceloneses, i el 1661 eren arrendats per unes 5 000 lliures mallorquines. El darrer batlliu fou Manuel de Montoliu (1788).