Estudià a la Rietveld Acadèmia d’Amsterdam i a l’Architectural Association de Londres, on es diplomà el 1987. Ha realitzat diverses obres d’enginyeria civil, com la Central Elèctrica a Amersfoort (1989-93) o el pont Erasmus de Rotterdam, on es pot apreciar la seva formació en l’estudi de Santiago Calatrava. La utilització de l’ordinador en la concepció i en la realització caracteritza les obres fetes als Països Baixos, com l’edifici Karbouw, a Amersfoort (1990-92), l’ampliació del Rijksmuseum Twente, a Enschede, (1992-96) o la casa Moebius, a Het Gooi (1993-97). L’any 1998 s’associà amb Caroline Bos, historiadora de l’art. S'especialitzaren en desenvolupament de projectes urbans i plans infraestructurals a través del seu despatx anomenat Un-studio, una xarxa d’especialistes en arquitectura, urbanisme i noves infraestructures per a organitzar noves estratègies de col·laboració interdisciplinar amb altres arquitectes, dissenyadors gràfics, constructors, consultors, fotògrafs i especialistes en noves tecnologies. Entre els seus projectes, cal destacar la remodelació de l’estació d’Arnhem (1996-2005) i la del Museu Wadsworth Atheneum a Hartfort (EUA, 2000-04). L’obra de Van Berkel ha estat exposada a les mostres “Light Construction” (MOMA, 1995) o “The Unprivate House” (MOMA, 1999), entre d’altres. Té una extensa activitat teòrica i acadèmica com a professor a les universitats de Columbia i Harvard, i des del 2000 a la Universitat de Princeton.