Ingressà al noviciat de la Companyia de Jesús a Mallorca el 1856, i el 1857 passà a Salamanca i posteriorment a Lleó, on estudià ciències. El 1861 era professor de novicis en física, ciències naturals, química, història natural, matemàtiques i música. El 1868, amb la supressió de l’orde jesuïta a la península Ibèrica s’exilià temporalment a França, on completà la formació i el 1869 fou ordenat sacerdot. El 1870 fou destinat al Colegio de Belén de l’Havana, on es feu càrrec de l’observatori. Entre altres tasques feia diàriament anàlisis meteorològiques i el pronòstic del temps, que publicava la premsa local.
Soci de mèrit de la Real Academia de Ciencias de l’Havana (1873), la seva aportació principal fou l’estudi dels ciclons tropicals (huracans), dels quals en predigué acuradament l’arribada el 1875 i el 1876, la seva formació, els desplaçaments i la predicció, per als quals formulà diverses lleis, publicades el 1895 i que reberen el nom de lleis Viñes o lleis de Viñes, que foren àmpliament utilitzades i amb el temps millorades. Inventà dos aparells, que anomenà ciclonoscopi i ciclononefoscopi, per a detectar huracans i deduir-ne l’aproximació, que foren premiats amb diploma i medalla a l’Exposició Universal de Filadèlfia del 1876, i es convertiren en instruments habituals per a la navegació al Carib. Intentà, tot i que amb poc èxit, establir una xarxa d’observatoris per a l’estudi i la predicció dels huracans.
Publicà Apuntes relativos a los huracanes de las Antillas en setiembre y octubre 1875 y 1876 (1877) i diverses altres monografies. Després d’un viatge per Europa que aprofità per proveir-se d’utillatge científic, el 1893 escriví Investigaciones relativas a la circulación y traslación ciclónica en los huracanes de las Antillas, que acabà poc abans de morir, comunicació que fou enviada al Congrés Meteorològic de Chicago d’aquest any. Inscrit al Panteó de Cubans Il·lustres, és recordat amb un carrer a la ciutat de Miami, a prop del Colegio de Belén (traslladat a la ciutat americana després de la revolució comunista del 1961). El 2003 l’Ajuntament de Poboleda li dedicà un homenatge.