Estudià al Lycée de Rouen i es graduà a Filadèlfia. Desenvolupà la seva professió a Lima i a Trinitat, i el 1870 tornà a Cuba. Descobrí que el mosquit cúlex és l’hoste intermediari en la transmissió de la febre groga a l’home, i investigà altres malalties tropicals (el beri-beri, la lepra, el còlera, etc). El 1915 el govern cubà creà en honor seu l’Instituto Finlay per a la investigació de medicina tropical.