Fou creat el 1987 amb la participació de la Generalitat de Catalunya, la Universitat Autònoma de Barcelona i l’Institut d’Estudis Catalans, i més tard s’hi incorporà la Universitat de Barcelona. Té la seu al campus de Bellaterra de la Universitat Autònoma de Barcelona. Ha estat dirigit per Jaume Terradas (1987-97) i, posteriorment, per Ferran Rodà i Javier Retama. Duu a terme recerques sobre el funcionament, la diversitat i la resposta a les pertorbacions dels sistemes naturals i als problemes ambientals que poden afectar els ecosistemes, i treballa pel desenvolupament d’instruments conceptuals i metodològics que facilitin la presa de decisions i la gestió sostenible del medi. De la seva activitat, destaquen la concepció i realització de l’Inventari Ecològic i Forestal de Catalunya, el mapa de cobertes del sòl de Catalunya i el desenvolupament del sistema d’informació geogràfica MiraMon.