André de Gouveia, el primer director, reuní al seu voltant humanistes que difongueren les idees d’Erasme, Guillaume Budé, etc. Posteriorment, el Colégio, sota la dependència dels jesuïtes, es decantà vers una línia més ortodoxa, sobretot després del 1564, que foren promulgades a Portugal, sense cap restricció, les decisions del concili de Trento.