Des del 1567 s’hi feren classes de teologia als jesuïtes, i després a tothom. Arribà a una convivència pactada amb la universitat. El 1569 hi habitaven 40 jesuïtes. Acabada la part central de l’edifici el 1564, el 1670 fou edificat, al costat, el seminari (convictori) de Sant Ignasi per als nobles, i quasi un segle després s’iniciaren les obres d’una casa d’exercicis. Fou col·legi màxim de la província jesuítica d’Aragó, i tingué una bona biblioteca. Des del 1700 hi residiren pares missioners. Expulsat l’orde (1767), la monarquia hi continuà en part l’obra educativa, i algunes de les seves ensenyances passaren a la universitat. En ésser restaurada la Companyia, recobrà els edificis, reobrí el seminari de nobles i traslladà a l’antiga casa professa el col·legi de Sant Pau (1816-20). Expulsat de nou, del 1823 al 1835 tornà a reprendre la seva tasca. Més endavant, els edificis del col·legi de Sant Pau i del seminari de nobles, en mans de l’estat, foren convertits en institut de segon ensenyament, i la Companyia construí un nou col·legi —el de Sant Josep— (1870) en un altre lloc de la ciutat.