El col·legi fou creat per a recollir les aspiracions a un ensenyament científic que el Col·legi d’Apotecaris de Barcelona havia sol·licitat repetidament des del 1763. Els primers catedràtics del col·legi foren Josep Antoni Balcells i Camps (física i química), Josep Antoni Savall (matèria farmacèutica), Agustí Yáñez (història natural) i Raimon Fors (farmàcia experimental). El 1821 fou vinculat a l’anomenada Dirección de Estudios del Reino i fou abolit l’any següent per tal de crear un altre organisme, però fou restablert el 1823. Vinculat a la Universitat de Barcelona, el 1845 passà a formar part de la seva facultat de ciències.