Durant la primera ocupació d’Àger, vers el 1036-37, hi hagué un monestir benedictí. En ésser reconquerida definitivament el 1047, Arnau de Tost hi instal·là clergues osonencs. Arnau dotà àmpliament la canonja, la sotmeté a la Seu Apostòlica i li obtingué l’exempció de la mitra d’Urgell (1060). Potser per indicació del papa, Arnau oferí a Cluny la comunitat com a priorat, però hom no feu efectiva la donació. Sant Pere quedà com a canonja aquisgranesa, i, més tard, com a augustiniana. L’exempció episcopal li valgué lluites amb els bisbes d’Urgell i, després, amb els de Lleida, al segle XII, que provocaren una davallada material i d’observança, fins que hi intervingué Bernat Calbó (1232) per remeiar-ho. L’abadia esdevingué pràcticament nullius amb jurisdicció sobre 38 parròquies i 16 annexos, dividides en 4 oficialats: Àger, Castelló de Farfanya, Montclar i Valldellou. La canonja fou secularitzada per Climent VIII el 1592 i esdevingué col·legiata i arxiprestat, que conservà la jurisdicció exempta fins al 1874 (arxiprestat d’Àger), que fou incorporat al bisbat de Lleida.
De l’antiga basílica (segle XII), només en queden els tres absis, amb capitells esculpits, part de les criptes (segle XI) i un tros de la nau al costat del campanar inacabat. També hi ha restes de pintures murals i una part del claustre gòtic i dependències malmeses.