Fou creada al març del 1856 pel tractat de París i la integraven Alemanya, França, la Gran Bretanya, Itàlia, Romania i Turquia. El 1918 la Comissió Internacional del Danubi s’ocupà del riu entre Ulm i Braila; però el 1940 Alemanya la suprimí. El 1948 els estats riberencs del bloc comunista, excepte Alemanya i Àustria (fins el 1954), crearen la Comissió del Danubi, mentre que la navegació pel curs alemany occidental depengué de tractats bilaterals. Amb la desaparició del bloc comunista (1989-92) fou restablerta la lliure navegació pel Danubi, i la Comissió, formada pels estats riberencs, té cura del tràfic fluvial i del manteniment del riu.