Fundada l’any 1966, la seva tasca consisteix a administrar l’exercici conjunt de funcions pastorals de l’episcopat pel que fa als fidels del seu territori, amb l’objectiu de desenvolupar la vida catòlica i la seva missió evangelitzadora. Es regeix pels acords del 1979 entre la Santa Seu i l’Estat espanyol. Des de la seva creació fins el 2020 tots els arquebisbes de Madrid en foren presidents, càrrec que ha estat ocupat, successivament, per Fernando Quiroga Palacios (1966-69), Casimiro Morcillo González (1969-71), Vicent Enrique i Tarancón (1971-81), Gabino Díaz Merchán (1981-87), Ángel Suquía Goicoechea (1987-83), Elías Yanes Álvares (1993-99), Antonio María Rouco Varela (1999-2005 i 2008-14) i Ricardo Blázquez Pérez (2005-08, 2014-17 i 2017-2020). El març del 2020 l’elecció de Joan Josep Omella com a president de la CEE trencà el costum d’un arquebisbe de Madrid com a titular del càrrec. Omella fou també el primer president procedent d’un arquebisbat de Catalunya.