El motiu de la fundació fou el creixent allunyament entre les abadies dels diferents països, que dificultava l’obligada assistència anual al Capítol Principal, celebrat a Cîteaux que, a la distància, afegia l’inconvenient d’estar situat en territori sota sobirania del rei de França, en guerra permanent amb el d’Espanya. Els monestirs de Poblet i Santes Creus s’oposaren a la fundació perquè s’hi instaurava l’abadiat temporal, se suprimia el sistema de filiació i es creaven nous càrrecs. La regla fou establerta al Capítol provincial de Rueda del 1626. Per una butlla del 1634, Urbà VII uní a la Congregació els monestirs cistercencs de Navarra, amb la qual cosa restava formada per quatre monestirs aragonesos (Veruela, Roda, Piedra, Santa Fe) quatre de catalans (Poblet, Santes Creus, Escarp i Lavaix), dos de valencians (Valldigna i Benifassar), un de Mallorca (la Real) i cinc de Navarra (Fitero, La Oliva, Leyre, Iranzu i Marcilla). S'hi afegiren, també, els monestirs femenins aragonesos (Trasobares, Casbas i Santa Lucía de Saragossa), catalans (Vallbona, Valldonzella, Cadins i Sant Hilari), el valencià de la Saïdia i el navarrès de Tulebras. Amb la desamortització (1835), es tancaren els monestirs masculins i s’exclaustraren els monjos. Amb la restauració de Poblet (1940) reviviren els drets de la Congregació i, per decret de la Sagrada Congregació per als Religiosos i els Instituts Seculars, l’any 1989 s’hi aprovaven les noves Constitucions. Actualment és formada per dos monestirs masculins (Poblet i la seva fundació de Solius), i quatre de femenins (Vallbona de les Monges, Casbas, Cadins i Valldonzella). N'és president nat l’abat de Poblet.