Fou creat per Carles V el 1522 per tal de dirigir els afers internacionals i els interns supranacionals. Era presidit pel monarca, i tots els nomenaments eren fets per designació reial; Carles V hi inclogué alguns consellers flamencs. A diferència d’altres consells, hi predominà sempre l’aristocràcia, bé que tots els membres solien tenir experiència política o administrativa. Amb Felip II els seus poders foren molt limitats, i les reunions, molt irregulars, però amb els seus successors formulà una bona part de la política de la corona, que els reis solien acceptar. Al segle XVII foren creats uns quants subcomitès especialitzats, com la Junta d’Anglaterra o la d’Alemanya. Les qüestions de guerra eren tractades per militars, situació que fou institucionalitzada amb la creació del Consell de Guerra. Al segle XVIII la importància del Consell disminuí molt, però no desaparegué. Carles IV el restaurà el 1792 i declarà que tots els consellers eren iguals, ministres o no; però la reforma no tingué gaire èxit i el Consell fou suprimit el 1834, bé que la institució, amb noms diversos, ha perdurat.