L’oposició de la junta de comerç impedí (1806) que en fossin aprovats els estatuts, i hagué d’aixoplugar-se darrere l’antiga Companyia de Filats de Cotó, situació semiclandestina, de la qual intentà de sortir el 1821 adoptant el nom de Comissió de Fàbriques de Filats, Teixits i Estampats de Cotó, presidida per Erasme de Janer i de Gònima, sense assolir el reconeixement del govern constitucional, però sí el de les autoritats locals. El 1826, Magí Coromines la reorganitzà i n'obtingué l’aprovació del govern de Ferran VII, interessat a congraciar-se amb els liberals catalans de caire moderat. La comissió tingué valuosos col·laboradors (Bonaventura Carles Aribau, Eudald Jaumandreu i Pascual Madoz) en les seves campanyes proteccionistes de lluita contra els gremis. Quan, el 1847, hom anuncià una reforma dels aranzels en sentit lliurecanvista, la comissió fou modificada per tal d’integrar-hi altres activitats industrials, i adoptà el nom de Junta de Fàbriques , al costat de la qual no tardà a aparèixer l' Institut Industrial de Catalunya .