Les CRISPR es troben aproximadament en el 50% dels genomes seqüenciats de bacteris i en el 90% dels d’arquees. Tenen un paper fonamental com a mecanisme natural de defensa contra patògens similars o idèntics als que prèviament han envaït aquests organismes.
Es tracta d’una sigla procedent de l’anglès clustered regularly interspaced short palindromic repeats (’repeticions palindròmiques curtes agrupades i regularment interespaiades’).