Establerta pel primer capítol general de l’orde (1217), restà a Palestina després de la caiguda del regne llatí de Jerusalem, gràcies a acords parcials amb els soldans que culminaren en el tractat perpetu del 1333. Climent VI reconegué els franciscans com a custodis oficials en nom de l’Església Catòlica (1342). Successives expropiacions i restitucions per part dels turcs abocaren al statu quo del 1757 (vigent actualment), que delimita els drets de les diverses confessions cristianes sobre cada santuari. A Jerusalem, la Custòdia dirigeix una Escola Bíblica que promou excavacions arqueològiques i publica obres científiques sobre l’Orient antic.