Els seus orígens es remunten al taller artesanal d’Isaac Carasso, un jueu d’origen búlgar que el 1919 inicià la producció de iogurts. El 1923 es construí la primera fàbrica a Barcelona i el 1927 a Madrid. Dos anys després fou creada la Société Danone a París.
En 1941 el fill del fundador, i successor des del 1939 d’ambdues empreses, Daniel Carasso, anà als Estats Units, on fundà Dannon —venut el 1959 i recomprat el 1981—, i el mateix any es constituí a Barcelona Danone, empresa amb capital majoritàriament català dirigida per Lluís Portabella fins al retorn de Carasso, qui el 1951 retornà a París per gestionar tant el Grup de França com de l’Estat espanyol. A partir d’aquest moment, l’empresa inicià un fort creixement, que el convertí en la primera empresa de l’Estat espanyol en el camp dels derivats lactis.
El 1967, la branca francesa de Danone es fusionà amb Gervais, el productor líder de formatges a França, i es convertí en Gervais Danone. Uns anys més tard, fruit d’un llarg procés de fusions amb la també francesa Boussois-Souchon-Neuvesel (BSN) —dedicada a la fabricació d’envasos de vidre i que el 1970 havia adquirit de la cervesera alsaciana Kronenbourg i l’aigua mineral Evian— el 1973 l’empresa Gervais Danone constituí BSN Gervais-Danone, que el 1994 adoptà el nom de Groupe Danone, en el qual s’emparà progressivament la branca de Danone de l’Estat espanyol. El 1991 es creà a Barcelona l’Institut Danone, dedicat als estudis sobre nutrició.
El creixement de BSN Gervais-Danone, anà acompanyat per importants canvis en el conglomerat: es convertí en propietari de l’empresa embotelladora d’aigua mineral de Sant Hilari Sacalm Font Vella (1974); abandonà la fabricació del vidre, desfent-se de Boussois Verreries (1979); adquirí General Biscuit, propietària de la marca LU (1987); comprà Nabisco (1999); vengué gran part del seu negoci cerveser (2000); vengué la divisió de galetes a Kraft (2007); i per fer frenar l’efecte de la marca blanca llançà al mercat la marca de baix cost Gervais (febrer del 2014). El 2013 la multinacional francesa en controlava el 57%, percentatge que el 2015 passà al 91%, del negoci centrat principalment en productes de salut i benestar.
A l’Estat espanyol, té fàbriques de producte làctics a Madrid i Aldaia (País Valencià), i a Salas (Astúries) i Parets del Vallès (Catalunya) fins al 2002 i el 2024, respectivament.