Fou creat el 31 de juliol de 1936 a causa de les circumstàncies sorgides amb la Guerra Civil i malgrat l’article 14 de la constitució de la Segona República Espanyola, segons el qual, l’exèrcit, la marina de guerra i la defensa eren d’exclusiva competència de l’Estat espanyol. Funcionà fins a la centralització de poders efectuada pel govern central de la República, després dels Fets de Maig de 1937. Foren consellers de defensa el militar Felip Díaz i Sandino i l’anarcosindicalista Francesc Isgleas. Creà un secretariat general, que assumí les funcions del Comitè Central de Milícies Antifeixistes (després de la seva dissolució), l’Exèrcit Popular de Catalunya i l’Escola Popular de Guerra. Tenia una forta representació a la Comissió d’Indústries de Guerra, dirigia el Consell de Sanitat de Guerra i publicava un butlletí.