Creada al desembre del 1998 com a confederació de més de 300 grups ecologistes de l’Estat espanyol, entre els quals destacaven l’Associació Ecologista de Defensa de la Naturalesa (Aedenat) i la Coordinadora d’Organitzacions de Defensa Ambiental (CODA). Ecologistes en Acció Catalunya reuneix una desena de grups federats.