Era formada per tretze persones (una de les quals el dirigent o instador) que als regnes de València i de Mallorca es constituí com a òrgan suprem de govern, amb plenes atribucions, enfront de l’autoritat del lloctinent o governador i amb domini efectiu —en l’elecció i en el govern— sobre la generalitat, el Gran i General Consell i els consells municipals respectius. Els Tretze de València foren elegits el 1520 pels caps dels oficis; tenien la seva residència a la ciutat de València. A imitació de la junta central, a les poblacions importants se'n constituïren, també amb el nom dels Tretze, de locals: els membres d’aquestes juraven fidelitat i ajuda mútua en presència d’almenys un dels Tretze de València; jeràrquicament estaven sota l’obediència directa dels Tretze de la capital. Aquestes juntes foren renovades anualment i les persones eren elegides entre els menestrals en nombre proporcional a la importància dels oficis. Els Tretze tingueren cura de l’orde públic i del règim econòmic dels consells municipals, així com de la direcció de la guerra contra l’exèrcit reialista. Hi hagué en total tres eleccions dels Tretze. A Mallorca, l’organització dels Tretze hi fou imitada el 1521 a la ciutat de Mallorca i als pobles de l’illa, però hi durà només uns quants mesos, puix que en fer-se càrrec de les Germanies la fracció més extremista de Joanot Colom, aquest hi instaurà un règim personal i dictatorial. Els cronistes, des de Viciana, atribuïren el nombre de tretze al nombre dels apòstols que seguien el Crist. Sembla que el tipus de govern fou inspirat en el d’algunes repúbliques italianes que els agermanats citaren sovint com a model.