Ingressà a l’Academia General Militar el 1944, i després de completar la seva formació ascendí en l’escalafó. L’any 1976 obtingué el grau de tinent coronel. Tres mesos després del 23 de febrer de 1981, fou nomenat cap dels serveis secrets espanyols, el CESID (Centro Superior de Información de la Defensa; des del 2002, Centro Nacional de Inteligencia, CNI), càrrec que ocupà fins l’any 1995.
El seu mandat estigué marcat per diversos casos relacionats amb l’espionatge, ETA i el conflicte basc. Fou també imputat o cridat com a testimoni en diversos casos relatius als Grupos Antiterroristas de Liberación (GAL), entre els quals cal esmentar el del segrest del ciutadà francès Segundo Marey (1984), arran del qual dimitiren el ministre de l’Interior José Barrionuevo i el secretari d’estat Rafael Vera.
D’altra banda, l’Audiència d’Àlaba el jutjà també el 2003 per les escoltes il·legals a la seu de Herri Batasuna a Vitòria, però un any després el Suprem li aixecà la condemna. Finalment, la sostracció, el 1991, dels documents sobre escoltes il·legals a personalitats espanyoles d’alt rang (inclòs el rei) per un subordinat de Manglano, Juan Alberto Perote, el qual els filtrà a la premsa, comportà la dimissió del vicepresident del Govern Narcís Serra, la del ministre de Defensa Julián García Vargas i la del mateix Manglano, i precipità la caiguda del Govern de Felipe González. La subsegüent condemna a presó del Tribunal Suprem sobre Manglano fou posteriorment anul·lada pel Tribunal Constitucional.