Fill i net de banquers, estudià dret a la Universitat de Valladolid i ciències econòmiques a la Universitat de Deusto. Posteriorment s’incorporà al Banco de Santander, propietat del seu pare, Emilio Botín Sanz de Sautuola, que n’era el director. El 1964 fou nomenat director general, càrrec que exercí com a subordinat de la presidència ocupada pel seu pare, al qual succeí el 1986. El 1989 llançà els anomenats “supercomptes”, que permeteren al banc obtenir grans beneficis i assolir els primers llocs de la banca espanyola. El 1993 protagonitzà noves iniciatives d’ampliació amb l’absorció de Banesto, la fusió amb el Banco Central Hispano (1999), que donà lloc al Banco Santander Central Hispano i la compra del banc britànic Abbey el 2004, una de les primeres adquisicions transfrontereres a la Unió Europea i que serví per a consolidar l’SCH com un dels grans bancs del món. L’any 2007, el Tribunal Suprem refusà la causa contra Botín sol·licitada per una associació de clients de banca que l’acusava d’evadir impostos a través d’una operació de cessió de crèdit. Aquest refús i l’argument que no n’hi havia prou amb l’acusació popular si el ministeri fiscal i l’acusació particular s’inhibien (que posteriorment hom anomenà doctrina Botín) aixecaren una polèmica considerable. Casat amb la mecenes de la música Paloma O’Shea, tres dels seus sis fills, Ana Patricia Botín, Emilio i Javier, segueixen la tradició. Després de la mort del seu pare, Ana Patricia accedí a la presidència del grup Santander.