Inicialment instal·lada a la Barceloneta, passà a la Llotja (1774) fins a la dissolució de la junta (1847). En aquest primer període, l’escola, gratuïta, tingué una gran vitalitat i en sortiren homes com Agustí Canelles. Després del 1847 fou agregada successivament a l’institut d’ensenyament mitjà i a l’Escola Industrial Barcelonesa; la seva categoria decaigué, fins a la seva dissolució per part del govern l’any 1868. La diputació se’n feu càrrec (1870) i, amb el nom d’Escola Provincial de Nàutica, s’instal·là novament a la Llotja fins el 1918, que passà a un pis dels Porxos d’En Xifré, al pla de Palau. L’any 1874 passà a càrrec de l’Estat com a Escola Oficial de Nàutica, que concedia un títol oficial que permetia d’ésser revalidat a la comandància militar de marina. L’any 1929 hom creà el Patronat de l’Institut Nàutic de la Mediterrània, encarregat de la construcció d’un edifici propi al pla de Palau, inaugurat per la Generalitat el 1932, i que encara ocupa. En crear-se l’any 1931 la subsecretaria de la marina mercant, les escoles de nàutica existents hi quedaren adscrites. Amb el franquisme, el 1951 passaren a dependre directament del Ministeri de Comerç. L’any 1981 passà a anomenar-se Escola Superior de la Marina Civil. Des del gener del 1990 es troba integrada a la Universitat Politècnica de Catalunya (UPC) amb el nom de Facultat de Nàutica de Barcelona. Amb motiu del 250 aniversari, rebé la Creu de Sant Jordi (2019)