El primer ús registrat del terme fou el 1499 com a títol d’un tractat de criptografia i esteganografia disfressat de llibre de màgia negra escrit per Johannes Trithemius. Els seus orígens, però, remunten a l’any 440 aC, en què l’historiador Heròdot mencionà a les seves Històries com Demeratus escriví un missatge per alertar d’un possible atac a Grècia, escrivint-lo en una tauleta de fusta i la cobrí de cera. Les tauletes de cera s’utilitzaven com a superfície d’escriptura reutilitzable.
Un altre exemple de l’ús de l’esteganografia fou practicat per Histiaeus, que rapava el cap dels seus esclaus més fidels i els tatuava un missatge. Quan els cabells els creixien, el missatge quedava ocult. En la Segona Guerra Mundial, s’usava molt la tècnica dels microfilms’, que consistia a microfilmar un missatge i reduir-lo fins a l’extrem d’un punt de forma que podia passar com un signe de puntuació d’un caràcter dins d’un altre text.
El principal avantatge de l’esteganografia sobre la criptografia és que els missatges no criden l’atenció per si mateixos. En canvi, el missatges xifrats que són visibles desperten sospites sense importar la fortalesa del xifratge i poden ser incriminatoris en països en què el xifratge sigui il·legal.