Transformava així en estudi general l’escola major d’arts i elevava a facultat la càtedra de filosofia lul·liana creada el 1481 per Agnès de Pacs. Malgrat la gradual creació de noves càtedres de teologia i filosofia (1527), retòrica (1541), cirurgia (1573), teologia (1620), cànons, lleis (1626), la seva activitat fou molt limitada fins a l’obtenció de la butlla papal de Climent X (1673), que donava validesa universal als seus títols, fins aleshores reconeguts només dins els dominis de la corona. Rebé el nom d’Universitat Lul·liana de Mallorca. El 1697 en foren aprovats els estatuts, redactats pel bisbe de Mallorca Pere d’Alagó. Comprenia les facultats de medicina, cànons i lleis, filosofia i arts i teologia (lul·lista, tomista, escotista i suarista). El rector era elegit pels jurats de la ciutat i només podia concedir el grau de batxiller en cànons i lleis. Els títols de llicenciat i doctor de totes les facultats eren concedits pel canceller, càrrec vinculat al bisbe de la diòcesi. Hi havia també un prefecte d’estudis (elegit pel doctor), un secretari i un bidell (elegits pels jurats) i un clavari i un síndic elegits pel claustre. El govern de la universitat era encomanat a una assemblea o concili particular, que es reunia almenys una vegada l’any, presidida pel rector. Les càtedres eren subvencionades amb donatius particulars, fons públics i les matrícules dels alumnes. A partir del 1769, arran de l’expulsió dels jesuïtes, disposà també de les rendes del col·legi de Monti-sion, on es traslladà la universitat. Després d’un període sense activitat (1809-11) i de nous canvis de local entre l’antic Estudi General i Monti-sion (1816 i 1820), el 1829, per decret reial de Feran VII, la universitat fou substituïda pel seminari dependent de la Universitat de Cervera. Tingué encara una momentània reaparició del 1840 al 1842, després de la qual fou definitivament suprimida.