La primera seu de l’organització fou a Amsterdam, però a partir del 1932 és a Zuric. El 2015 en formaven part 209 federacions nacionals. En el seu si hi ha les sis confederacions continentals que controlen més directament el futbol de les respectives àrees: Confederació Sud-americana de Futbol (CONMEBOL), fundada el 1916 i que té 10 països afiliats; Unió Europea de Futbol Associació (UEFA), fundada el 1954 amb 34 afiliats; Confederació Asiàtica de Futbol (coneguda per les sigles del nom anglès AFC), fundada el 1956 amb 46 afiliats i que l'any 2006 incorporà Austràlia; Confederació Africana de Futbol (CAF), fundada el 1956 amb 54 afiliats; Confederació Nord-Centre-americana i del Carib de Futbol (CONCACAF), fundada el 1961 amb 41 països afiliats, i Confederació de Futbol d’Oceania (CFO), fundada el 1968 i amb 11 estats afiliats.
Organitza directament diverses competicions mundials, entre d'altres, la Copa del Món (des del 1930), el Campionat del Món juvenil (1977, en categoria femenina des del 2002), el Campionat del Món de futbol sala (1989), el Campionat del Món de futbol femení (1991), la Copa de Confederacions (1997) i el Campionat del Món de clubs (2000), a més de cursos d’entrenadors, administradors, àrbitres, dirigents i jugadors. La major part de la seva tasca es fa a través de comissions, sota el control del comitè executiu, que en coordina la feina. Han presidit la FIFA el francès Robert Guérin (1904–06), l’anglès Daniel Burley Woolfall (1906–18), el francès Jules Rimet (1921–54), el belga Rodolphe William Seeldrayers (1954–55), els anglesos Arthur Drewry (1955–61) i Stanley Rous (1961–74) i el brasiler João Havelange (1974–98). Des del 1998 el suís Joseph Blatter presideix la institució. El 2015 el Departament de Justícia dels Estats Units ordenà la detenció de diversos dirigents de l'organització, els quals acusà de suborns continuats a empreses patrocinadores. Poc després d'aquest escàndol Blatter fou reelegit en el càrrec. Tot i anunciar la dimissió als pocs dies, continuà en el càrrec i a l'octubre fou suspès pel Comitè d'Ètica junt amb altres alts càrrecs. Investigat juntament a altres alts càrrecs de la FIFA, el febrer del 2016 Gianni Infantino en fou escollit nou president.