Estudià dret a Cervera i a Sevilla i en fou catedràtic a Barcelona i a Madrid. Milità al partit moderat i, després, a la Unió Liberal; fou alcalde de Barcelona (1856), diputat a corts (1860-64), vicepresident del congrés i ministre d’ultramar (1864), com a membre de la Unión Liberal. Col·laborà a l’edició de les Siete Partidas. Fou secretari de l’Acadèmia de Jurisprudència, membre de l’Acadèmia de Bones Lletres de Barcelona i un dels fundadors de l’Ateneu Català.
Publicà estudis sobre el dret civil català i en defensà la validesa enfront del centralisme uniformista, sovint en la premsa conservadora d’opinió, sobretot al Diario de Barcelona, que contribuí a consolidar com a tal, en la línia marcada per Joan Mañé i Flaquer.
Publicà algun poema català de circumstàncies a La Verdad (1844) i el 1857 llegí a l’Acadèmia de Bones Lletres de Barcelona el poema romàntic La soledat, inclòs a Los trobadors nous (1859), i deixà inacabat un romanç en què evocava des de Madrid la fira de Sant Tomàs de Nadal. Presidí els Jocs Florals de Barcelona el 1860. També col·laborà a la premsa barcelonesa amb articles i composicions literàries (El Guardia Nacional, La Corona). És pare del polític i jurista Joan Josep Permanyer i Ayats.