Integra el seminari que el mateix Lefebvre havia fundat l’any 1970 a Ecône (Suïssa) i altres centres tradicionalistes que s’havien anat creant a diversos països sense l’autorització de Roma.
La Fraternitat aplega els catòlics, coneguts com a lefebvrians, que no accepten els ensenyaments del concili II del Vaticà especialment en el camp de la reforma litúrgica, de l’ecumenisme i de la doctrina sobre la llibertat religiosa, perquè consideren que contradiuen la doctrina tradicional de l’Església catòlica. Segueix el ritu tridentí, que es caracteritza per l’ús del llatí i una litúrgia molt codificada que porta fins i tot el sacerdot a pronunciar l’homilia d’esquena als fidels, mirant cap a l’altar.
Marcel Lefebvre, que d’ençà del 1976 havia ordenat capellans sense permís del papa, consumà el cisma en ordenar —també sense autorització romana— quatre bisbes l’any 1988. Arran d’aquest fet, Lefebvre, el bisbe Antônio de Castro Mayer (consgrant) i els quatre nous bisbes incorregueren en excomunió latae sententiae decretada per la Santa Seu. L’any 2009, Benet XVI aixecà l’excomunió als quatre bisbes.
El 1999, la Fraternitat tenia 371 sacerdots a tot el món. Durant les dècades següents experimentà un creixement de les seves vocacions i de la seva implantació internacional, de manera que el 2026 reunia uns 720 sacerdots, prop de 200 seminaristes i era present en una seixantena de països. Han dirigit la Fraternitat Sant Pius X el mateix Lafebvre (fins el 1982), Franz Schmidberger (1982-94), Bernard Fellay (1994-2018) i Davide Pagliarani (des del 2018).
En contraposició a aquesta fraternitat, el 1988 el mateix any el Vaticà creà la Fraternitat de Sant Pere per als catòlics de sensibilitat més tradicional que no volguessin trencar els lligams amb Roma.
L’u de juliol de 2026 la Fraternitat Sacerdotal Sant Pius X ordenà quatre nous bisbes a Ecône (Suïssa), desatenent les reiterades peticions del papa Lleó XIV perquè desistís de dur a terme les consagracions sense mandat pontifici. Les ordenacions comportaren una nova etapa de ruptura canònica entre la fraternitat i la Santa Seu i l’excomunió dels bisbes participants (els dos oficiants i els quatre nous bisbes).