De família persa, el seu pare era funcionari de l’Imperi Britànic a Zanzíbar. A vuit anys fou enviat a estudiar a Bombai, on desenvolupà un gran interès per la música i començà a ser anomenat Freddie pels seus companys. El 1964 emigrà amb la seva família a la Gran Bretanya, fugint de la inestable situació a l’illa natal.
Graduat en disseny gràfic el 1969, paral·lelament als estudis acadèmics continuà interessat en la música, i aquest any formà la primera de les seves bandes, i el 1970, Queen. Liderada i molt marcada per la personalitat de Freddie Mercury (nom que des de la formació del grup adoptà definitivament) fins a la mort, esdevindria un dels grups de rock més celebrats de la dècada dels setanta i dels vuitanta.
Tot i ser autodidacte, la seva gran tècnica vocal, i especialment l’amplitud de registre, el situaren entre els millors cantants pop. Des del punt de vista escenogràfic, les actuacions en viu, en les quals exhibí un gran erotisme i un gran sentit teatral, li donaren un impuls addicional. La seva actuació al concert benèfic Live Aid del 1985 és considerada sovint com una de les culminacions del rock en viu. D’altra banda, enregistrà el 1988 un tema a duo amb Montserrat Caballé, Barcelona, per a promocionar els Jocs Olímpics del 1992, el qual obtingué un èxit notable.
Diagnosticat de sida a la segona meitat dels anys vuitanta, continuà actuant i cantant fins poc abans de morir. Per aquest final i la seva qualitat artística, així com per haver estat un dels primers personatges famosos a contreure la malaltia i per la seva bisexualitat, ha esdevingut un dels mites de la cultura popular, i després de la seva mort rebé una gran quantitat d’homenatges.