El FLN fou l’element motor de la insurrecció i de la independència algerianes i fins el 1989 constituí, el partit únic de l’estat algerià, amb Controla el govern, l’assemblea nacional i l’exèrcit. Els seus estatuts el declaren socialista i regit pel principi del centralisme democràtic. El seu màxim organisme és el consell de la revolució, el qual delega els seus poders en un secretariat executiu. Al juny del 1990 se celebraren les primeres eleccions lliures des del 1962, on es votà la nova composició dels consells regionals i locals. La victòria del Front Islàmic de Salvació (FIS), que també féu perdre al FLN les grans ciutats (Alger, Orà) precedí la primera volta de les eleccions a l’Assemblea Popular Nacional. La segona volta, prevista per al gener del 1992, no s’arribà a fer efectiva perquè el govern cancel·là el procés en comprovar que el FIS era de nou la força més votada. Es constituí aleshores un govern militar, l’Alt Comitè d’Estat, que il·legalitzà el FIS i empresonà els seus líders, cosa que donà lloc a una guerra civil no declarada. Des d’aleshores el FLN deixà de ser el partit hegemònic a Algèria, bé que molts dels seus antics membres formaven ara part de la cúpula militar que governava el país. En les primeres eleccions legislatives posteriors al cop d’estat, celebrades al juny del 1997 (i de les quals el FIS seguia exclòs), el Reagrupament Nacional Democràtic (RND) del president Liamine Zéroual se situà molt per davant del FLN (155 escons per 64) però, per tal d’assolir una majoria de govern, ambdós partits formaren coalició. En les eleccions presidencials d’abril del 1999 es proclamà guanyador el candidat independent (bé que antic membre del comitè central del FLN) Abdelaziz Bouteflika.