Amb el suport del govern ugandès, desencadenà una violenta ofensiva militar contra les forces regulars ruandeses. El 1993 signà amb el govern de Ruanda els acords de pau d’Arusha. Després dels enfrontaments ètnics del 1994, l’FPR, dirigit per Paul Kagamé, aconseguí ocupar la capital i controlar el territori, establint a Kigali un govern d’unitat nacional. Kagame guanyà les primeres eleccions presidencials (agost del 2003) i el Front Patriòtic obtingué majoria en les legislatives del setembre. En ambdues consultes foren denunciades irregularitats.