Té l’origen en els enfrontaments entre guerrilles rivals dels partits liberals i conservadors entre el final dels anys quaranta i el final dels cinquanta del segle XX. Un grup dissident dels liberals que abraçà el comunisme fou l’embrió del que l’any 1966 esdevindrien les FARC, fundades per Manuel Marulanda, pseudònim de Pedro Antonio Marín Marín, conegut popularment com Tirofijo, que en fou el dirigent principal.
Els anys següents tingueren una vida marginal, en part per l’obertura de relacions diplomàtiques entre Colòmbia i la Unió Soviètica. El març del 1984 les FARC i el govern colombià signaren un acord que significà l’inici d’integració en la vida civil amb la constitució del partit polític Unión Patriótica (UP), que es presentà a les eleccions del 1986 i obtingué uns 350.000 vots. Tanmateix, la violència i els atemptats constants de paramilitars d’extrema dreta a la UP, en un dels quals morí el candidat presidencial de la UP Bernardo Jaramillo (1990), comportaren que les FARC tornessin a la lluita armada, tot i que els anys següents se succeïren les negociacions (diàlegs de Caracas de 1991, de Tlaxcala el 1992 i de La Uribe el 1993).
Simultàniament, des de la segona meitat dels anys vuitanta, les FARC reprengueren l’impuls coincidint amb una creixent implicació en el narcotràfic i la pràctica d’extorsions i segrestos a gran escala, activitats que dotaren l’organització d’uns recursos dels quals no havien disposat mai. El 1998 el nou govern d’Andrés Pastrana acordà amb les FARC la desmilitarització completa d’una zona de 42.000 km2 al departament de Caquetá a canvi de reiniciar negociacions. De fet, però, la violència continuà i aquesta zona es convertí en un santuari de les FARC.
L’any 2000 els EUA, afectats per l’extensió del narcotràfic, organitzaren el pla Colòmbia d’assistència econòmica i militar per a eliminar i substituir les plantacions de coca. El 2001 el govern colombià i les FARC, encapçalades per Tirofijo establiren en els acords de San Francisco rellançar el procés de pau, que es trencà l’any següent amb el segrest d’un avió i d’un senador i d’una candidata a la presidència del país.
El 2002 el nou president colombià Álvaro Uribe abandonà les negociacions i, amb el suport dels EUA, emprengué una via exclusivament militar contra les FARC. Si d’una banda la nova política de duresa aconseguí fer recular la guerrilla a zones remotes i l’empresonament d’alguns líders com Ricardo Palmera (2004) o la mort d’altres, com ara el portaveu de l’organització, Raul Reyes (Luis Edgar Devia) el març del 2008, de l’altra originà conflictes diplomàtics amb els estats veïns, singularment amb Veneçuela, en el territori de la qual els guerrillers solien refugiar-se, motiu pel qual l’exèrcit colombià hi feu nombroses incursions.
El 2007 i el 2008 la intervenció com a mediador del president veneçolà Hugo Chávez en l’alliberament de diversos ostatges de perfil destacat de les FARC (entre els més de mil segrestats) donà lloc a tensions entre aquest i el president Uribe. Simultàniament, aquests mesos se succeïren les desercions de destacats líders i, arran de la mort de Marulanda el mes de març del 2008 (que les FARC no feren pública fins dos mesos més tard), l’organització, ara liderada per Alfonso Cano, semblà entrar en una etapa de crisi interna i d’afebliment, en part com a resultat de la política de duresa i en part per la pèrdua de suport de la població. Un nou cop contra l’organització fou la mort de Cano en una operació de l’exèrcit la primera setmana de novembre del 2011. El mateix mes les FARC nomenaren un nou líder, Rodrigo Londoño Echeverri, conegut pel pseudònim Timoleón Jiménez o el sobrenom Timochenko.
El febrer del 2012 l’organització anuncià l’alliberament dels darrers ostatges i la fi de la pràctica del segrest. Al novembre declarà un alto el foc temporal i, al mateix temps inicià converses de pau amb el govern a l’Havana amb la mediació del govern cubà. El desembre del 2014 les FARC declararen un alto el foc unilateral, que fou secundat poc després també pel govern colombià. El procés de pau progressà el 2015 amb la creació conjunta d’un tribunal especial de la veritat i la reconciliació per a jutjar els crims comesos per ambdues parts durant els anys de conflicte, l’aprovació d’una llei d’amnistia i l’acord pel qual es garantia una compensació a les víctimes. El 25 d’agost de 2016 el president colombià Juan Manuel Santos i el líder de les FARC, Timoleón Jiménez, signaren a l’Havana un acord preliminar, reproduït definitivament el 27 de setembre a Cartagena. Tanmateix, en el referèndum del 2 d’octubre, que havia de confirmar els acords, s’imposà pel 50,4% el rebuig als termes de la pau. El 24 de novembre les FARC i el govern colombià signaren un nou acord després de revisar algunes de les clàusules, especialment les relatives a l’obligatorietat dels exmembres de les FARC a compensar les víctimes de l’activitat de la guerrilla amb el seu patrimoni i a informar sobre el narcotràfic.
El 27 de juny de 2017 les Nacions Unides confirmaren el desarmament complet de l’organització (malgrat que alguns dissidents continuaren la lluita armada) i, al setembre, les FARC es reconvertiren oficialment en partit polític. Conservant la sigla, adoptaren el nom de Fuerza Alternativa Revolucionaria del Común. El març del 2018 el nou partit anuncià que no es presentaria a les eleccions presidencials previstes per al maig, adduint els problemes de salut del seu líder Timoleón Jiménez. Poc després (11 de març) tingueren lloc les primeres eleccions parlamentàries posteriors a la guerra civil, en les quals la FARC aconseguí tan sols un 0,4% dels vots. Tanmateix, els acords de pau li reservaven 10 escons al Congrés i al Senat. Al juliol el líder de les FARC demanà públicament perdó a les víctimes dels anys de guerra civil.