El centre té els seus orígens en les activitats de voluntariat que el veterinari Ferran Alegre realitzà a partir de l’any 1991. No fou fins tres anys més tard (1994) que s’inaugurà oficialment a Premià de Mar el Centre de Recuperació d’Animals Marins de Catalunya (CRAMC), que es convertí en la primera entitat d’aquestes característiques a la Mediterrània. L’any 1996, el centre es transformà en fundació i adoptà el nom actual, una ONG dedicada a la recuperació d’animals i ecosistemes marins, a la recerca i a l’educació, tot un referent a nivell nacional i internacional.
El 19 de març de 2011, s’inaugurà la nova seu als espais naturals del delta del Llobregat, al Prat de Llobregat. És un espai de 18.000 m2 dissenyat especialment per al tractament de cetacis (dofins), tortugues i aus marines, i adaptat per a rebre les visites de públic. El mateix any 2011 la Fundació CRAM obrí una delegació al Museu Marítim Ría de Bilbao (Bilboko Itsasadarra Itsas Museora) amb l’objectiu d’ampliar les seves accions de conservació del medi marí.
L’activitat principal del CRAM és la d’aspectes clínics i el rescat d’espècies marines en perill que avaren a la costa catalana, per a la seva posterior reintroducció al seu hàbitat. La Fundació porta a terme diverses línies de treball en conservació, investigació i formació, a més d’accions de sensibilització social sobre l’estat del medi marí i la seva problemàtica. El CRAM disposa d’un Centre de Recuperació i un equip tècnic i humà preparat especialment per a l’assistència a espècies marines. A més, té tres vaixells: el Vell Marí, el Toftevaag i el Pacífic, que li permeten portar a terme projectes sobre el terreny.