Formaren el nucli fundador Jordi Font, Antoni Bobé i Ramon Farreró, professionals en el camp de la psicologia, la psiquiatria i la psicoanàlisi, els quals iniciaren un servei privat d’atenció psicopatològica adreçat, al principi, només als sacerdots, sota l’empara de la Conferència Episcopal Tarraconense. El 1973 esdevingué Fundació Centre Mèdico-Psicològic, i el 1974 començà l’atenció a seglars i a infants.
L’any 1976 fou creada la Fundació Vidal i Barraquer, dedicada principalment a l’assistència clínica psicopatològica, posteriorment complementada amb àrees de recerca i docent. El 1981, la Diputació de Barcelona li assignà un dels primers centres d’atenció primària en salut mental, al barri de Sant Andreu de Barcelona. El 1991, amb el traspàs de competències al Servei Català de la Salut de la Generalitat de Catalunya, li fou assignat un Centre de Salut Mental Infantil i Juvenil (CSMIJ) i, el 1997, un Centre Mèdic Psicològic a la ciutat de Tarragona. Posteriorment es féu càrrec dels nous hospitals de dia per a adolescents de Santa Coloma de Gramenet (2000) i de Badalona (2008).
En tots aquests serveis, tant públics com privats, es treballa, ja des dels seus inicis, amb un interès específic pels tractaments combinats: psicofarmacològics, psicoterapèutics i psicoanalítics, tant en les modalitats de psicoteràpia individual com en les de grup, de parella i de família. En l’àmbit docent, la Fundació és adscrita a la Universitat Ramon Llull. L’any 2014 rebé la Creu de Sant Jordi.