Fill gran de Joan de Llupià i de Saragossa. Fou alcaid del Castellet de Perpinyà, i després portantveus del seu pare com a procurador reial de Rosselló i Cerdanya (1636). Lluità contra els francesos al Rosselló comandant un terç, i es destacà en el setge de Salses (1639). El 1640, en esclatar la guerra dels Segadors, fou detingut per sospites d’avinença amb els francesos, però lluità al costat de les tropes de Felip IV de Castella i ocupà Agramunt (1644). Acabada la guerra, fou governador de Catalunya. El 1653 li foren confiscats els béns del Rosselló, i foren lliurats a Josep de Margarit, marquès d’Aguilar; volgué emprendre la recuperació del Rosselló, però no fou escoltat. Fou cavaller de l’orde de Sant Jaume (1641) i general de l’artilleria del regne de Sevilla. Es casà amb la seva cosina germana i tia Francesca de Ballaró i de Llupià.