Fou fundat el 1959 amb el nom d’Agropecuària de Guissona per un grup de professionals del sector agrari de la comarca de la Segarra, encapçalats pel veterinari Jaume Alsina Calvet, amb l’objectiu d’obtenir ingressos complementaris als incerts guanys de l’agricultura. Amb els anys, anà tancant el cicle productiu complet, des de la cria d’aviram o bestiar fins a la seva transformació càrnia, a la construcció de granges o el subministrament de pinsos i l’assistència veterinària.
L’entitat esdevingué la societat mercantil Corporació Alimentària Guissona al desembre del 1999 amb l’aportació d’actius i branques d’activitat d’Agropecuària Guissona, Societat Cooperativa Limitada, Àrea de Guissona, SA, Proporsa, Alpisa i Alsicor, Caixa Guissona (creada el 1963 amb el nom de Caixa Rural Nostra Senyora del Claustre de Guissona), a més de l’agència d’assegurances SEAGUI i la Fundació Agropecuària de Guissona (creada el 1997). La nova societat aplegà les activitats industrials i comercials del grup, des de la fabricació de pinsos compostos fins a la comercialització de carns. El 2002, la junta general d’accionistes aprovà la fusió per absorció d’Àrea de Guissona i d’Alfalfa y Piensos, SA, i la Corporació assumí la gestió de la xarxa de botigues bonÀrea, de venda de productes carnis (més de 380 botigues el 2011 a Catalunya, Aragó, el País Valencià, Madrid, Guadalajara i Andorra), i integrà també l’activitat de venda al consumidor final. El 2004 s’establiren els primers supermercats bonÀrea. Entre el 2005 i el 2011 el grup amplià la seva capacitat de producció amb la construcció del complex La Closa (Guissona), amb sales per a nous productes i processos, i un nou sistema logístic. Posteriorment, s’inauguraren noves fàbriques de pinsos a Reus (2007) i a localitat saragossana de Bujaraloz (2009). El 2013 la Corporación Alimentaria Guissona es constituí en societat anònima.
L’any 2016 s’inaugurà una ampliació del complex La Closa, i el 2018 s’iniciaren les obres de construcció d’un gran centre de producció alimentari a Épila (Saragossa). El 2006 el grup establí la Fundació bonÀrea, entitat sense ànim de lucre dedicada a promoure activitats esportives i d’oci.
Amb uns ingressos de més de 1.100 milions d’euros i més de 3.000 treballadors al final de la primera dècada del segle XXI, el grup ha rebut diversos premis, entre els quals hi ha la Placa President Macià concedida per la Generalitat de Catalunya (1992), el Premi a la millor empresa d’alimentació concedit pel ministeri d’agricultura espanyol (2006), el premi Carles Ferrer Salat de Foment del Treball (2009), la Creu de Sant Jordi (2010), concedida al president fundador del grup Jaume Alsina, i el premi Aster de trajectòria empresarial d’ESIC Business & Marketing School.