Els seus orígens es troben a mitjan segle XX, arran de l’èxit del programa d’investigació agrària sobre millora de la productivitat del blat iniciat l’any 1943 a Mèxic, finançat per la Fundació Rockefeller i el Govern mexicà i liderat per Norman Bourlaug. L’èxit de la iniciativa conduí a la creació de dos centres internacionals d’investigació agrària: l’Institut Internacional de l’Arròs (IRRI), el 1960 a Filipines, i el Centre Internacional de Millorament del Blat de moro i del Blat (CIMMYT), el 1963 a Mèxic. La feina desenvolupada per aquests dos centres dugué a la definició d’un paquet tecnològic que permeté un increment molt notable dels rendiments de blat i arròs, l’anomenada Revolució Verda, que fou fonamental per a evitar una crisi alimentària d’abast mundial en un moment de ràpid creixement de la població mundial. L’any 1967 es crearen el Centre Internacional d’Agricultura Tropical (CIAT), a Colòmbia, i l’Institut Internacional d’Agricultura Tropical (IITA), a Nigèria, amb la missió de millorar la productivitat de cultius tropicals com la mandioca, el cigró, el sorgo, la patata o el mill. L’any 1969, l’anomenada Comissió Pearson detectà la necessitat de potenciar i coordinar els esforços dirigits cap a la investigació orientada a la producció d’aliments en països tropicals, cosa que propicià que el Banc Mundial, l’Organització de les Nacions Unides per a l’Agricultura i l’Alimentació (FAO) i el Programa de les Nacions Unides per al Desenvolupament (PNUD) creessin el CGIAR que a mitjan anys 1990 arribà a tenir divuit centres (que eren quinze el 2012). La necessitat d’establir un marc estratègic d’activitats per als centres del CGIAR, reforçar el seguiment de les activitats desenvolupades pels centres de la xarxa i intentar garantir una bona gestió dels recursos aportats pels països i organitzacions donants, propicià que l’any 2010 es creés el Consorci Internacional de Centres d’Investigació Agrària del CGIAR. El pressupost actual del consorci és d’uns 600 milions de dòlars, proporcionats principalment pels Estats Units d’Amèrica (13%), la Fundació Bill i Melinda Gates (11%), el Banc Mundial (7%), el Regne Unit (7%), la Comissió Europea (6%) i el Canadà (6%).