Després d’haver iniciat estudis de medicina, es dedicà de ple a la literatura. La publicació de la seva primera obra important, Madame Bovary (1857), fou alhora un esdeveniment literari i un escàndol social, a causa de l’amoralitat que hom veia en el comportament de la protagonista. El llibre fou condemnat més pel fet de constituir una dura crítica de l’empremta ideològica burgesa sobre una ànima ingènua que no pas per la conducta d’Emma Bovary. És la mateixa mena de crítica que hi ha al Dictionnaire des idées reçues (1911) i a Bouvard et Pécuchet (1877), ambdues obres publicades després de la mort de l’autor, i d’una manera més insidiosa, però d’una eficàcia supina, a l’Éducation sentimentale (1870), que tingué dues versions i que alguns crítics consideren la seva obra mestra. En totes aquestes obres, i en les altres — Salammbô (1863), esplèndida evocació de la civilització cartaginesa, La tentation de Saint Antoine (1874), miticofilosòfica, i Trois Contes (1877)—, Flaubert traïa un romàntic amagat darrere un naturalista. De l’escriptor el preocupaven sobretot l’harmonia, la forma, els colors, l’art i la tècnica. Però el poeta romàntic, que, com a tal, odiava la burgesia i la feia responsable de totes les mediocritats i de totes les decadències, es frustrà ell mateix, i deixà parlar la natura i els temes d’estudi que li oferia. Acumulava una documentació de vegades impressionant, els apunts i les observacions, i oferia unes pintures d’una exactitud i un realisme sorprenents, totalment desproveïts d’emoció i de moralisme. Aquest art impersonal, gairebé clàssic, exclusivament basat en l’observació, fa una impressió de força expressiva i de pessimisme; en realitat, la descripció de les misèries intel·lectuals, malgrat la impassibilitat de l’autor, no és exempta de crueltat. La Correspondance (1887-1944) és molt reveladora, en aquest aspecte.