Conegut popularment com Banc Vaticà, és una institució financera els clients de la qual són diòcesis, ordes religiosos, i departaments i empleats de la Santa Seu. Fou instituït el 1942 pel papa Pius XII per evitar l’especulació amb els diners de les institucions religioses i per estalviar els costos de les operacions. Té com a precedent un sistema informal conegut com l’Església Financera Òbol de Sant Pere que es formalitzà al segle XIX.
Els tres períodes rellevants que defineixen la institució fins a l’actualitat són: el 1870 amb la dissolució dels Estats Pontificis, el 1929 amb la signatura del tractat del Laterà, que atorgava la independència a l’Estat Vaticà, i els esdeveniments de la Segona Guerra Mundial.
Des dels anys vuitanta l’IOR fou acusat reiteradament d’opacitat en les seves operacions, així com de blanqueig de diners. Negà estar involucrat en l’escàndol de la fallida del Banc Ambrosià, del qual l’IOR era accionista majoritari i en la mort no aclarida del seu president Roberto Calvi (1982), bé que admeté una “implicació moral” que el portà a compensar-ne els creditors.
Acusada d’altres escàndols i de connexions amb la màfia (així com de les relacions amb el règim pronazi dels ústaixes de Croàcia durant la Segona Guerra Mundial), l’any 2009 l’economista italià Ettore Gotti Tedeschi en fou designat president per tal de reformar la institució. L’any 2010 fou creada una Autoritat d'Informació Financera perquè en supervisés la transparència. Tedeschi fou substituït el 2012, acusat d’irregularitats i de blanqueig de capitals. Poc després de ser investit, el papa Francesc nomenà, al juny del 2013, una comissió amb plens poders per a investigar l’IOR. Al mes següent dimitiren el director general i el vicedirector, i altres persones vinculades amb l’ens, entre els quals hi havia un prelat, foren arrestades per les autoritats italianes.