El seu objectiu és facilitar l’aplicació i el compliment de la llei respecte a la gestió dels espais naturals i la protecció de les zones humides i constituir la base per a la redacció dels futurs plans sectorials de zones humides catalanes. Actualment, té identificades 203 zones humides, cadascuna de les quals ha estat objecte d’una caracterització ecològica, d’una avaluació de l’interès i la problemàtica de conservació i d’una anàlisi per a optimitzar-ne la gestió. Les zones humides de l’Inventari han estat georeferenciades en una cartografia digital, integrada en el sistema d’informació ambiental del departament de medi ambient de la Generalitat.