Del 1870 al 1913, suspecte a la policia russa per les seves activitats nacionalistes, Baudouin de Courtenay es trobà sovint confinat fora del territori polonès, i fou professor successivament a Peterburg, Kazan’, Dorpat, Cracòvia i una altra vegada a Peterburg, i aquest darrer càrrec acabà en la seva expulsió de la universitat i una condemna de dos mesos de presó. El 1918, guanyada la independència de Polònia, Baudouin de Courtenay fou finalment nomenat professor a Varsòvia. El seu millor moment creador fou l’època de Kazan’, pels volts del 1880, quan l’estimulava la col·laboració amb un alumne brillantíssim, Mikołaj Kruszewski, un altre polonès confinat com ell. Ja la seva primera lliçó inaugural a Peterburg (1870) constituïa un esbós de la fonologia i més particularment de la morfofonologia. Baudouin de Courtenay influí sobre Saussure gràcies al seu Versuch einer Theorie phonetischer Alternationen (‘Assaig d’una teoria de les alternances fonètiques’, 1895), i el seu ensenyament fou el nucli formador de l’anomenada “escola de Peterburg”. Per aquests dos camins les seves idees confluïren a determinar els principis de la fonologia del Cercle Lingüístic de Praga, bé que aleshores el mateix Baudouin de Courtenay s’havia orientat cap a recerques psicològiques i de dialectologia.