Es doctorà en arts (1637) i teologia (1640) a la Universitat de València, on professà tres cursos de filosofia (1642-44) i el seu antitomisme formà escola. Familiar de l’arquebisbe Pedro de Urbina, fou ardiaca de Morvedre a la seu de València (1652) i jutge del Sant Ofici. Acompanyà aquest arquebisbe en ser transferit a la seu de Sevilla, i hi restà cinc anys com a catedràtic de teologia. Fou un defensor del dogma concepcionista, sobre el qual publicà diversos tractats.
Predicador famós, publicà molts dels seus sermons, tots en castellà tret del predicat el dia de Sant Vicent del 1667: Ramellet del bateig del Fill i Fillol de València (1667). El pròleg d’aquest text és bàsicament una apologia de la llengua, en la qual Ballester explica que antigament era parlada fins a la Provença i la Guiena, i oposa la dolça fonètica dels valencians al margall dels catalans del Principat, afirmació que esdevingué tòpica durant segles. L’autor incorporà a aquest text unes curioses reflexions sobre prosòdia valenciana i ortografia.