El seu nom de família era Juan de Yepes y Álvarez. Estudià al col·legi de jesuïtes de Medina del Campo i a la Universitat de Salamanca i tota la vida es lliurà al coneixement i aprofundiment de la filosofia, la Sagrada Escriptura i la patrística. El 1562 ingressà en l’orde carmelità reformat i el 1563 ja col·laborà a la fundació del convent de Duruelo, primera casa masculina de l’esmentada reforma. La seva cooperació amb santa Teresa li ocasionà, fins que el nou orde no fou reconegut, persecucions i empresonaments. Representa el cim de l’escola asceticomística castellana.
És autor d’unes quantes poesies i d’uns tractats que són comentari a algunes d’aquestes poesies: Subida al Monte Carmelo i Noche oscura (ambdues incompletes i la segona continuació de la primera) ho són de la composició En una noche oscura; Llama de amor viva, de ¡Oh llama de amor viva!; i Cántico espiritual, de la del mateix títol. La Subida... tracta de la “purgació” del sentit, de l’enteniment, de la memòria i de la voluntat, i la Noche... de la “purgació” espiritual i sensorial; així, l’ànima assoleix el despullament progressiu de la voluntat i de la intel·ligència per tal de fer possible la unió amb Déu. L’exercici de l’amor és comparat, a Llama..., a una flama, pel poder purificador i transformador que té. Aquesta flama és la que s’encén enmig de la nit obscura de la purificació i va creixent fins a establir la comunicació íntima i afectiva amb Déu. Cántico espiritual té quatre parts, que corresponen, respectivament, a la “via purgativa”, a la “via il·luminativa”, a la “via unitiva” i a l’“estat beatífic”. L’autor es troba en la necessitat d’expressar allò que és inexpressable, és a dir, l’experiència mística. Per això, a més de fonts bíbliques —especialment el Càntic dels càntics—, utilitza procediments i formes de la poesia tradicional i renaixentista, que omple de contingut religiós. Després, en els comentaris, va explicant tota la simbologia de les imatges i dels recursos literaris emprats tot transcendint-los a un alt sentit misticoteològic. Fou canonitzat el 1716. La festa se celebrava el 24 de novembre, i posteriorment el 14 de desembre.