Fill tercer de Josep de Margarit i de Biure i de Maria de Biure. Tercer marquès d’Aguilar. El 1645 publicà a Barcelona un Retórico epítome latino y castellano..., que dedicà al seu pare, amb el qual restà a Barcelona fins a la capitulació del 1652. Passà amb ell al Rosselló i lluità en l’exèrcit de Lluís XIV. El 1675 es casà amb Rafaela de Negrell de Cruïlles i de Bas, baronessa de Castellfollit i de Mosset i comtessa de Montagut, i per això també fou conegut com a Joan de Cruïlles i de Margarit.