Ordenat de sacerdot, fou mestre de capella de la catedral d’Urgell. Estigué al servei de la infanta Isabel de Borbó al palau de La Granja (Segòvia). Els seus dos germans Josep Ferrer i Domènech (Alcover 1880 — Toledo 1936) i Lluís Ferrer i Domènech (Alcover 1882 — Toledo 1936) foren també sacerdots, organistes i compositors. Lluís havia estudiat amb Joan a la Seu d’Urgell i fou mestre de capella (1929-36) de la catedral de Toledo. Foren assassinats en esclatar la guerra civil de 1936-39.