El 1802 s’establí a Madrid, on fou compositor al servei de la casa del duc d’Osuna, i el 1805 fou nomenat compositor de cambra de Carles IV d’Espanya, càrrec que continuà exercint amb Ferran VII. El 1814 publicà a Madrid l’Escuela completa de música, obra dedicada a Ferran VII que tractava sobre els fonaments de l’harmonia basats en les teories de J.Ph. Rameau. Posteriorment publicà Mapa harmónico (1829) i Tratado de composición musical, inèdit.
El 1816 sol·licità del monarca el permís per a obrir el primer conservatori de música a Madrid, permís que li fou concedit el 28 de novembre del mateix any. L’any següent compongué un Te Deum per al naixement de la infanta Maria Lluïsa, filla de la reina Isabel de Bragança. El 1821 publicà Método de piano conforme al último que se sigue en París. La guerra civil l’obligà a tancar el conservatori l’any 1822, que tornà a obrir cinc anys després.
La fundació, el 1830, del Real Conservatorio de María Cristina eclipsà el de Nunó, fins al punt que el 1833 esdevingué professor de la nova institució.
El 1832 demanà al monarca fons per a publicar l’arranjament d’un Stabat Mater de J. Haydn. La seva producció musical consta d’una trentena d’obres on figuren, a més d’obres religioses, valsos, boleros, marxes, contradanses, rigodons sobre temes de G. Rossini i una Simfonia en do major de quatre moviments.